硅胶层析柱法的分离原理是根据物质在硅胶上的吸附力不同而得到分离， 一般情况下极性较大的物质易被硅胶吸附，极性较弱的物质不易被硅胶吸附，整个层析过程即是吸附、解吸、再吸附、再解吸过程。试剂柱层析硅胶是具有固体特性的胶态体系，由形成凝集结构的胶体粒子构成。胶体粒子是水合状态硅胶(多硅酸)的缩聚物，属非晶态物质。胶体粒子的集合体的间隙形成试剂柱层析硅胶颗粒内部的微孔隙结构。因此，它是一种具有丰富微孔结构，高比表面积、高纯度、高活性的优质吸附材料。 柱层析硅胶的微观结构与通用硅胶没有大的差别，构成胶体骨架的SiO2呈硅氧四面体结合，原子间的力场是平衡的。如前所述，硅胶有很高的比表面积，硅胶粒子内部孔隙的表面结构与形成的骨架内部结构不同，表面的硅原子与胶体所含的结构水形成硅醇基，即 ，这种结构的不平衡性使硅胶的表面产生自由力场，即对水分子或其他极性分 子有吸附能力，被吸附物质因分子极性强弱不同，胶体粒子表面对其表现的吸附力大小有不同程度的差别。由于这方面原因，硅胶对不同物质的混合物的吸附具有选择性。当分子极性较强的物质组份通过硅胶表面时，与硅胶产生的吸附力也较强，该物质组份在硅胶表面的保留时间较长;相反，分子极性较弱的组份，其保留时间较短。故不同物质的混合物因在通过硅胶过程中因保留时间的差别而得到分离。对于分子极性很强的物质，硅胶对其吸附能力很强，如水分子即是。在这种情况下，被吸附的物质分子只有在获得足够的能量(如热能)时才能克服硅胶表面产生的引力场的位垒而脱离硅胶表面。这样，在通常条件下，含有强极性物质组份的混合物在通过硅胶柱层时，其中的强极性物质组份被保留在硅胶孔隙内部，从而表现出硅胶的脱水精制或提纯物质的能力。